Der Erbauer war Pongratz, der das Hofbräuhaus am Alten Hof in München errichtete. Mit der Fertigstellung wurde Pongratz auch der erste Braumeister im Braunen Hofbräuhaus, wo er das Münchener Braunbier (in Nürnberg auch als rotes Bier bezeichnet) braute. Nach heutiger Bezeichnungsweise stand es in der Sparkassenstraße im Anschluss an das sogenannte Zerwirkgewölbe.

Am 10. Juni 1602 starb Hans Sigmund von Degenberg. Er war der letzte männliche Nachkomme des in SchwarzachBayerischen Wald Grafengeschlechts der Degenberger, die in Bayern das alleinige Vorrecht innehatten, Weißbier zu brauen. Seine Witwe begab sich in den Schutz des bayerischen Herzogs, dessen Landsassen die Degenberger waren. Da das Weißbier-Privileg 1548 von seinem Vorfahren Wilhelm IV. an die Degenberger ausgegeben worden war, zog Wilhelms Sohn Maximilian I. das Privileg wieder an sich (dazu hatte er zuvor ein juristisches Gutachten verfassen lassen), um künftig allein die Einkünfte aus dem Weißbier nutzen zu können; schließlich beauftragte er den Schwarzacher Weißbierbraumeister der Degenberger, Wolf Peter, sein Bier künftig in München zu brauen.

Dieser hatte bereits vor Ableben seines Dienstherrn dem Herzog einen Probesud
Weißbier in München gesotten. Die obergärige Spezialität erfreute sich schnell wachsender Beliebtheit. Der erste Weiße Preumaister war Hans Amman, der jedoch wieder entlassen wurde, als der Schwarzacher Braumeister Peter nach München verpflichtet werden konnte.

Nicht zuletzt durch die verschlechterten landwirtschaftlichen Bedingungen wurde vom Hof weniger Bayerwein bezogen und stattdessen die Herstellung von Bier favorisiert. Die gestiegenen Produktionsmengen ließen die Kapazitäten des Hofbräuhauses bald knapp werden, so dass man (nachgewiesen ab 1604) versuchte, die Produktion in einen Neubau auszulagern. 1607 war das neue Hofbräuhaus am erst viel später „Platzl“ genannten Ort, dem heutigen Standort des Hofbräuhauses, fertiggestellt und 1608 wurden auch die Sudstätten für das Braunbier dorthin verlegt. Das neue Gebäude war jetzt also Sudstätte für braunes und weißes Bier. Der geschäftssinnige Maximilian errichtete auch in anderen bayerischen Städten Bräuhäuser, die später von der Werbung gerne als Hofbrauhäuser bezeichnet wurden. Im Jahre 1610 erlaubte er den Bierverkauf an Wirte und Privatleute, und bald verpflichtete er die Münchener Wirte durch das Schankrecht dazu, auch das Hofbräu-Bier auszuschenken.

Um mit dem "Ainpock" im Frühjahr (nicht mit dem gesamten Braunbier) näher an die Qualität des Einbecker Bieres heranzukommen, warb man 1612 den Braumeister Elias Pichler von dort nach München ab. Das Bier des Einbeckers, das Ainpöck, erhielt in der Münchner Mundart bald die bis heute geläufige Bezeichnung Bock. Auch das Brauen von Bockbier war bis ins Jahr 1810 ausschließlich dem Hofbräuhaus vorbehalten, so dass das Hofbräuhaus bald zu einer wichtigen Einnahmequelle wurde. Angeblich wurde so ein Großteil der bayerischen Staatsausgaben für den Dreißigjährigen Krieg beglichen. Zumindest zeitweise resultierten 30 bis 50 Prozent der Staatseinnahmen alleine aus dem Weißbier.

Im Jahre 1828 verfügte König Ludwig I. die Gastung: Fortan war es erlaubt, die Bevölkerung im Hofbräuhaus zu bewirten. 1844 setzte er den Bierpreis deutlich unter das damals übliche Niveau, um dem „Militär und der arbeitenden Klasse einen gesunden und wohlfeilen Trunk zu bieten.“

1856 pachtete der Braumeister Georg Schneider das Hofbräuhaus. Seit den 1760er-Jahren war das obergärige Weißbier nach und nach aus der Mode gekommen. Da technische Erfindungen wie die Lindesche Kältemaschine noch nicht gemacht waren, kann dies nur mit einer Änderung des Publikumsgeschmackes erklärt werden. Im Hofbräuhaus reagierte man auf die neue Situation: die Weißbierproduktion wurde beständig zugunsten untergäriger Biersorten zurückgefahren und im Jahre 1872 schließlich ganz aufgegeben. Das Monopol der Wittelsbacher auf das Weißbierbrauen war bereits im Jahre 1798 aufgehoben worden, aber man benötigte immer noch ein Regal, um eine Weißbierbrauerei betreiben zu dürfen. Schneider gelang es, das auf dem Hofbräuhaus liegende und nun nicht mehr benötigte Weißbierregal von König Ludwig II. zu erwerben, womit er die Brauerei G. Schneider & Sohn, eine bis heute sehr erfolgreiche bürgerliche Weißbierbrauerei, gründete.

Mit dem zunehmenden Tourismus in München erfreute sich das Hofbräuhaus steigender Beliebtheit, so dass Prinzregent Luitpold 1896 beschloss, die Brauerei in die Innere Wiener Straße am Gasteig im Stadtteil Haidhausen zu verlegen (dort ist heute der Hofbräukeller untergebracht) und den Gastbereich des Hofbräuhauses stark vergrößern und im Stil der Neorenaissance umbauen zu lassen. Die Planung übernahm der Architekt Max Littmann und der Umbau wurde von der zusammen mit seinem Schwiegervater Jakob Heilmann gegründeten Firma Heilmann & Littmann in zwei Abschnitten durchgeführt: Am 22. Mai 1896 wurde das letzte Bier am Platzl gesotten, am 10. August 1896 nahm die neue Brauerei in Haidhausen ihren Betrieb auf, am 2. September 1896 begann man mit dem Abriss des alten Sudhauses, und ab dem 9. Februar 1897 war die dort neu errichtete Schwemme in Betrieb. Nun wurde das benachbarte Verwaltungsgebäude abgebrochen und durch einen großen Gaststättenbereich ersetzt. Am 22. September 1897 konnte das Hofbräuhaus in seiner neuen Form, die größtenteils der heutigen entspricht, feierlich eröffnet werden. Die Kosten für den Umbau beliefen sich auf 819.000 Goldmark.

In der Zeit der Münchner Räterepublik riefen am 13. April 1919 (Palmsonntag) Betriebs- und Soldatenräte im Hofbräuhaus die Kommunistische Räterepublik aus. Diese löste die von Erich Mühsam und Gustav Landauer am 7. April 1919 proklamierte Räterepublik Baiern ab. Die Ausrufung fand während eines Kampfes gegen die Republikanische Schutzwehr statt, die versuchte, die Räterepublik zu stürzen.

Am 24. Februar 1920 wurde im Hofbräuhaus vor etwa 2.000 anwesenden Personen die Nationalsozialistische Deutsche Arbeiterpartei (NSDAP) gegründet. Sie ging durch Umbenennung aus der Deutschen Arbeiterpartei hervor. Im Rahmen der Gründung verkündete Adolf Hitler das 25-Punkte-Programm, das Parteiprogramm der NSDAP

Im Zweiten Weltkrieg wurde das Hofbräuhaus 1945 bei dem Bombardement Münchens durch die Alliierten bis auf die Schwemme vollständig zerstört. Zur 800-Jahrfeier Münchens 1958 konnte die Rekonstruktion mit der Wiedereröffnung des Festsaals abgeschlossen werden. Nach einem Pächterwechsel 2004 wurde die "Trinkstube" mit Millionenaufwand umgebaut und als "Bräustüberl" im Juli 2005 wiedereröffnet. Bis heute ist das Hofbräuhaus Attraktion für Touristen aus aller Welt. Es zählt täglich bis zu 35.000 Besucher und erwirtschaftet dem bayerischen Staat jährlich Einnahmen in zweistelliger Millionenhöhe. 2004 wurde in Las Vegas< in den Vereinigten Staaten unter Lizenz eine originalgetreue Nachbildung des Hofbräuhauses errichtet. Von seiner Gründung an war das Hofbräuhaus im Besitz der bayerischen Herrscher, zunächst Herzöge, später Kürfürsten. Ab 1806 war es Königliches Hofbräuhaus bis König Maximilian II es 1852 in das Eigentum des bayerischen Staates übergab; die heutige offizielle Bezeichnung lautet Staatliches Hofbräuhaus am Platzl.